ComputerManuals - Soft Matter Engineering Gr.

User / Admin manuals for lab computers †

How to connect lab computers from off-campus network †

PPTP [ English/日本語]

PPTP server host name: pptpg.iimc.kyoto-u.ac.jp
ID: [ECS-ID/SPS-ID]@32240

Jupyter Hub †

http://10.249.84.174:8000

startup

cat cat /etc/rc.d/rc.local
...
nohup /opt/anaconda3/bin/jupyterhub --no-ssl -f /opt/anaconda3/jupyterhub_config.py &

↑

Mathematica †

You can use Mathematica (11.2.0) on ebi via the site license from SCL at Kyoto Univ. The program can be launched only by a fixed single user (uid=lab1, pw:yamamoto)
```
ssh lab1@ebi
(pw)
mathematica
```

↑

Cluster nodes †

To do list for adding new cluster machines
- Make symbolic link: /etc/profile.d/psxevers.*sh -> /opt/intel/psxevars.*sh

# rsh newhost "ln -s /opt/intel/psxevars.* /etc/profile.d/."

↑

Host machine (ebi) [10.249.84.174] (File server, Compile, Job submission) †

↑

File System †

User data
/home/user_name/　　default home directories (30TB)

/home1/user_name/　　storage for big data (30TB)

/home3/user_name/　　storage for big data (20TB)

/home4/user_name/　　storage for big data (50TB)

/home5/user_name/　　storage for big data (20TB)

To check disk usage of /home per users

 sudo du -skm /home/* | sort -nr

Applications
/opt/intel/　　Intel compilers

/usr/sge/　　Sun Grid Engine

↑

Job submission †

Parallel environments
OpenMP, Cluster-OpenMP, MPI

並列環境オプション(-pe)はtakoでは openmp, cluster-openmp-8, mpi-8、ikaではopenmp-4, cluster-openmp-4, mpi-4です。（uniでは数字のところが12）
キューの種類 (オプション -q で指定)
tako3.q : シングル・並列計算共用（8コア）。ノードはtako10--15。

ika0.q : シングル・並列計算共用（4コア）。ノードはika00--0a。

ika1.q : シングル・並列計算共用（4コア）。ノードはika10--1m。

tuna0.q : シングル・並列計算共用（6コア）。ノードはtuna00--0n。

uni1.q : 並列計算専用（12コア）。ノードはuni00--06。

aji1.q : 並列計算専用（16コア）。ノードはaji00--05。

sanma1.q : 並列計算専用（24コア）。ノードはsanma00--01。

スクリプトファイル (run.sh) の例
tako3.qで8CPUのOpenMPの計算を投げる場合 *1

   #!/bin/sh
   #$ -S /bin/sh        #シェルの指定
   #$ -N username     #ジョブ名の指定
   #$ -cwd                #カレントディレクトリでジョブを実行
   #$ -j y                  #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
   #$ -q tako3.q         #使用キューの指定
   #$ -pe openmp 8    #並列環境と使用プロセス数の指定
   #$ -v OMP_NUM_THREADS=8 # スレッド数の指定（環境変数を指定する場合は -v　を使う）
   # run
   ./a.out

tako3.qで32CPUのMPIの計算を投げる場合

  #!/bin/sh
  #$ -S /bin/sh
  #$ -N username
  #$ -cwd
  #$ -j y
  #$ -q tako3.q
  #$ -pe mpi-8 32
  #
  echo "=== START ==="
  date
  awk '{print $1;}' $PE_HOSTFILE > mpd.hosts　　#並列環境のホスト名を取得
  mpdboot -n 4 -f mpd.hosts　　　　　　　　　　#各ホストでmpdを起動
  mpiexec -n 32 -env I_MPI_DEVICE sock ./a.out　#MPI計算の実行
  mpdallexit　　　　　　　　　　　　　　　　　　#mpdの終了
  echo "=== END ==="
  date

tako3.qで24CPUのCluster-OpenMPの計算を投げる場合 *2

   #!/bin/sh
   #$ -S /bin/sh         #シェルの指定
   #$ -N username    #ジョブ名の指定
   #$ -cwd                   #カレントディレクトリでジョブを実行
   #$ -j y                      #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
   #$ -q large.q           #使用キューの指定
   #$ -pe cluster-openmp-8 24  #並列環境と使用プロセス数の指定
   # make initial file (kmp_cluster.ini)
   echo -n "--hostlist=" > kmp_cluster.tmp
   awk '{ printf $1",";}' $PE_HOSTFILE >> kmp_cluster.tmp
   echo "--process_threads=8" >> kmp_cluster.tmp
   sed 's/,--process_threads/ --process_threads/g' kmp_cluster.tmp > kmp_cluster.ini
   rm kmp_cluster.tmp
   # run
   ./a.out

↑

ジョブの投入と管理 †

ジョブの投入はebiから行います。Grid Engineの基本的なコマンドは以下のようです。

qsub: ジョブの投入コマンド。例えば，スクリプトファイル run.sh を投入する場合
```
   qsub run.sh
```
qstat: ジョブの状態を確認。(オプション -f でキュー毎のジョブの状態を確認。)
qhost: ノードの状態を確認。

↑

OpenMP並列のジョブを投入するときの注意点 †

qsub でOpenMP並列のジョブを投入すると、例えば

 #$ -pe openmp 2

などとCPU数を指定したとしても、その数ではなく、デフォルト値（ika=4, tako=8, uni=12）の並列数のジョブが流れます。別途OMP_NUM_THREADSの値を設定する必要があり、以下の行をスクリプト内に書けば設定できます。

 #$ -v OMP_NUM_THREADS=2

↑

OS Update †

yum update --skip-broken

yum clean all

↑

Intelコンパイラのバージョンアップメモ †

download and place ###.tgz in ebi:/work.

tar xvfz  ###.tgz
cd ###
sh ./install.sh

/opt/intel/psxevars.*shを確認し、最新版に正しくリンクを張り直す。このファイルは各ノードの/etc/profile.d/psxevers.*shからシンボリックリンクが貼られており、ログイン時に自動的にbash、cshに反映される。

↑

GCCのバージョンアップメモ †

Standard yum repository supports gcc but only up to version 4.2. One can install higher versions using Devtoolset-2 (4.8),

# cd  /etc/yum.repos.d/
# wget http://people.centos.org/tru/devtools-2/devtools-2.repo
# yum install devtoolset-2-gcc devtoolset-2-binutils
# yum install devtoolset-2-gcc-c++ devtoolset-2-gcc-gfortran
# scl enable devtoolset-2 bash
# gcc -v

Devtoolset-3 (4.9),

# cd  /etc/yum.repos.d/
# wget https://copr-fe.cloud.fedoraproject.org/coprs/rhscl/devtoolset-3/repo/epel-6/rhscl-devtoolset-3-epel-6.repo ‘--no-check-certificate
# yum install devtoolset-3-gcc devtoolset-3-binutils
# yum install devtoolset-3-gcc-c++ devtoolset-3-gcc-gfortran
# scl enable devtoolset-3 bash
# gcc -v

or Devtoolset-4 (5.2).

# cd /etc/yum.repos.d/
# wget https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/hhorak/devtoolset-4-rebuild-bootstrap2/repo/epel-6/hhorak-devtoolset-4-rebuild-bootstrap2-epel-6.repo
# yum install devtoolset-4-gcc devtoolset-4-binutils devtoolset-4-gcc-c++
# scl enable devtoolset-4 bash

New gcc/g++ can be found in "/opt/rh/devtoolset-2/root/usr/bin/" and "/opt/rh/devtoolset-3/root/usr/bin/". One may include one of the following lines in ".bash_profile".
```
source /opt/rh/devtoolset-2/enable
source /opt/rh/devtoolset-3/enable
source /opt/rh/devtoolset-4/enable
```

↑

新規ユーザーを追加する †

ebiでスーパーユーザになり以下を実行。

   # /usr/sbin/useradd -m USERNAME
   # passwd USERNAME
   # cd /var/yp; make

パスワードの変更は、各自のアカウントでログイン後に以下のコマンドで行なう。

   yppasswd

↑

NISの設定 †

ebiはNISのプライマリサーバー

   NISドメイン：　jstcrestmss
   NISサーバー(master)：　ebi: 10.249.84.174, 172.16.2.201
   NISサーバー(slave)：　shake: 10.249.84.173, 172.16.20.201

↑

NFSの設定 †

ebi:/homeは10.249.84.0/255.255.255.0に対してNFSマウントを許可している。
ebiとホームディレクトリを共有にしたければクライアントマシンでNFSの設定を行う。

↑

SAMBA †

Workgroup => HYMD

  \\ebi\pub (public directory for 1koza members) guestアクセス可
  \\ebi\hymd (public directory for MSS members) guestアクセス可
  \\ebi\your_ID (your home directory) パスワード登録が必要

ウインドウズマシンからebiの自分のhomeディレクトリを参照したければSambaにパスワードを登録する。

ebiのコマンドラインでの設定

  smbpasswd -a (ebiの自分のアカウント名)

または，SWATによる設定 [http://10.249.84.174:901/]

  SWAT->PASSWARD->ローカルマシンのパスワード管理->新規ユーザー追加

Windowsからebiにアクセスし，上で設定したユーザー名とパスワードを入力・保存する．通常はこれでOKだが，アクセス出来ない時は以下を確認する．
- コントロールパネル>資格情報の管理->Windows資格情報->[Windows資格情報]
```
 インターネットまたはネットワークのアドレス: ebi
 ユーザー名: (ebiの自分のアカウント名)
 パスワード: (sambaに登録したパスワード)  
```

↑

HDF5 †

ebi:/opt/hdf5.1.8にhdf5-1.8.4-patch 1 をインストール。
/opt/hdf5.1.8/binにPATHを追加すれば、h5fcやh5ccでHDF5コードを含んだFortranとCのソースファイルがコンパイルできる。
h5fcやh5ccで実際に使われているコンパイラとフラッグは"h5fc -show"で確認できる。
（注）c++用のスクリプト作成は成功しなかった。

↑

ホストマシン shake [10.249.84.173] について(ファイルサーバー、コンパイル、ジョブの投入) †

アプリケーション
/opt/intel/　　インテルコンパイラ

/usr/sge/　　Sun Grid Engine

/usr/local/cuda CUDA

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ikura0*（GPUマシン）へのジョブの投入 †

並列環境
OpenMPが使えます。

ノード間並列する際は、コア数の指定はノードのコア数の倍数としてください。（ikuraは４コア）

並列環境オプション(-pe)はikuraでは openmp です。
キューの種類 (オプション -q で指定)
all.q : シングル・並列計算共用（4コア）。ノードはikura00--ikura0b。

スクリプトファイル (run.sh) の例
all.qで8CPUのOpenMPの計算を投げる場合

   #!/bin/sh
   #$ -S /bin/sh        #シェルの指定
   #$ -N username     #ジョブ名の指定
   #$ -V              #qsubを実行したシェルの環境変数を反映
   #$ -cwd                #カレントディレクトリでジョブを実行
   #$ -j y                  #標準出力と標準エラーを1つのファイルに保存
   #$ -q all.q         #使用キューの指定
   #$ -pe openmp 4    #並列環境と使用プロセス数の指定
   #$ -v OMP_NUM_THREADS=4 # スレッド数の指定（環境変数を指定する場合は -v　を使う）
   # run
   ./a.out

↑

！！ここから下は古い情報！！ †

↑

緊急にジョブを投入する必要がある場合 †

qsubでジョブを投入してもなかなか自分のジョブが流れず、〆切までにデータが間に合わない、ということがあると思います。そのときは、tako_all.q または ika1_all.q を使用すれば、優先してジョブを投入することが可能です。ただし、このキューを使用すると、takoまたはika1で、すでに実行中のジョブが停止されてしまうので、あなたの代わりに誰かが犠牲になります。使用する前に、「緊急にジョブを投入する必要が生じたので、○○さん、ジョブを停止してよいですか？」とあらかじめ確認しましょう。もしかしたら、○○さんも緊急のジョブを走らせているかもしれません！

○○さんのジョブが例えばtako01で動いていた場合（qstatで確認すること）でかつ、○○さんからジョブを止めていいと了承が得られた場合を想定します。以下をスクリプトファイル内で宣言してください。

 #$ -pe tako_all.q@tako01  #tako01は○○さんのジョブが流れていたマシン

これを記述したスクリプトをqsubで実行すると、○○さんのジョブがサスペンド状態になり、あなたのジョブが実行されます。あなたのジョブが終われば、○○さんのジョブは再開されます。協力してくれた○○さんには必ずお礼をいいましょう。

注意：tako_all.q, ika1_all.q は後から投入されたものを優先して、先に動いているプログラムをすべて止めます。したがって、tako_all.q@tako01 で動かしていて、あとから別の人がtako_all.q@tako01 でジョブを投げたら、先に動いていたジョブも止まってしまいます。tako_all.q を使う場合は必ずどのマシンを使うか事前に確認してから使うようにしましょう。

※現在、tako_all.q, ika1_all.q はユーザの使用を制限しています。

tako_all.q, ika1_all.q の使用を許可する方法（rootのみ）
```
 root# qconf -au (username) deadlineusers
```

tako_all.q, ika1_all.q の使用を解除する方法（rootのみ）
```
 root# qconf -du (username) deadlineusers
```

tako_all.qについての注意
tako_all.qに関してですが、tako[1-3].qと同じ用に使うことが可能です。ただ明示的にホストを指定しない限りtakoのどのホストに入るかは判りませんのでアンバランスが生じる可能性があります。例えば tako_all.qでtako10-15の6 台を使いたい場合は -q "tako_all.q@tako1*" などとしてください（正規表現が使えます）。またtako[1-3].qはtako_all.qの従属キューになっていますので、tako_all.qが使われると重なったジョブはサスペンドされジョブは止まってしまいます。いわずもがなかとは思いますが、サスペンドされたジョブのメモリは開放いたしません。足りなくなった場合は一時的に（サスペンドされたジョブが）swapはされるとは思いますがパフォーマンスに影響が出ますのでご注意ください。また swapはメモリの2倍程度とっているはずですが、それでも足りない場合はどちらのプロセスがkillされますが、どちらのジョブになるのかはそのときのOSの判断によります。

↑

GWマシン anago [133.3.134.16] について †

学外からMSS_Project_LAN[10.249.84.0/255.255.255.0]へanago.cheme.kyoto-u.ac.jp [133.3.134.16] を経由して到達するには、以下の２つの方法がある。いずれもanagoのrootで作業する必要があるので、希望者は管理者(山本量一:ryoichi@cheme.kyoto-u.ac.jp)に連絡すること。

アカウント(user_name)の追加はsuになり以下の通り。
```
   /usr/sbin/useradd -m user_name
   passwd user_name
```

パスワードの変更は各自のIDでログイン後に以下のようにする。
```
   passwd
```

Windowsからの接続はコマンドプロンプトから以下のようにする、あるいはSSHのクライアントソフト(ex. putty)を別途インストールする。
```
   ssh anago.cheme.kyoto-u.ac.jp -l user_name
```
　　又は
```
   ssh user_name@anago.cheme.kyoto-u.ac.jp
```

外部からsshでanagoに入り，研究室のマシンにmagic packetを送る（WOLで起動する）ことが出来ます。
```
   wakeonlan ##:##:##:##:##:##   <-起動すべきマシンのMACアドレス
```

*1 Cシェルだと "Warning: no access to tty (Bad file descriptor). Thus no job control in this shell." と出力されるので、Bシェルを指定するように変更しました。by 村島
*2 kmp_cluster.iniを作成する箇所を修正しました。by 村島

Attach file:

anago_tap.ovpn 243 download [Information]

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List of IP addresses †

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Mathematica †

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OS Update †

Intelコンパイラのバージョンアップメモ †

GCCのバージョンアップメモ †

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SAMBA †

HDF5 †

ホストマシン shake [10.249.84.173] について(ファイルサーバー、コンパイル、ジョブの投入) †

ikura0*（GPUマシン）へのジョブの投入 †

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GWマシン anago [133.3.134.16] について †

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