My Research

Outreach (研究成果の紹介)

マルチスケールシミュレーション

  1. 京大テックフォーラム「ソフトマター理工学の流れ問題 〜シミュレーションの視点から〜」 「高分子成形プロセスにおける高分子溶融体流れのマルチスケールシミュレーション」 高機能な高分子製品を製造するためには 、成形加工時の高分子溶融体の流動を予測し制御する必要がある。 我々は、ミクロな高分子の状態とマクロな流動を同時に計算し予測するマルチスケールシミュレーション法を開発した。 本講演では、そのシミュレーション法について紹介する。
  2. 高分子溶融体の急縮小急拡大流路中の流動と高分子の伸長配向の関係


多成分脂質膜のシミュレーション

以下で紹介する研究成果は、主に 1. 日本学術振興会 基盤研究 B(課題番号 15H03708) 研究課題名「膜外刺激によって誘起される脂質二重膜のダイナミクス」 2015年4月1日〜2018年3月31日 2. 日本学術振興会 基盤研究 B(課題番号 23340121) 研究課題名「脂質複合膜の変形ダイナミクス」 2011年4月1日〜2014年3月31日 で得られた成果である.


研究課題名「膜外刺激によって誘起される脂質二重膜のダイナミクス」での研究成果
  1. 組成非対称な脂質二重膜小胞におけるマクロ-ミクロ相分離の転移ダイナミクス

    Shunsuke F. Shimobayashi, Masatoshi Ichikawa and Takashi Taniguchi
    "Direct observations of transition dynamics from macro- to micro- phase separation"
    "in asymmetric lipid bilayers induced by externally added glycolipids"
    EPL 113 56005 (6 pages) (2016).
    DOI:10.1209/0295-5075/113/56005

    
    [和文]
    一般に、均一状態にある二成分液体の温度を相分離温度以下に下げると最終的には完
    全相分離状態(マクロ相) へと緩和する。しかしながら、起源は何であれ長距離斥力が
    二相間に働く場合、ラメラ相やヘキサゴナル相といったメソ相が熱力学的安定になる
    事がある。均一相からマクロ相やメソ相への相分離ダイナミクスは低分子や高分子の
    二成分系を用いてこれまで盛んに研究がなされてきた。それらとは対照的に、マクロ
    相からメソ相への相分離ダイナミクスは適切な実験系やモデルが無くほとんど未開拓
    である (figure a)。
    今回我々は、外部から添加された糖脂質 (GM1) に起因する組成非対称な脂質二重膜
    小胞を用いて、マクロ相からヘキサゴナル様のミクロ相への構造転移ダイナミクスを
    報告する。糖脂質を添加されたマクロ相は、ストライプ相を中間相として経由し、ミ
    クロ相へと転移する (figure b)。その際、マクロ相の二相界面からある波長の揺らぎ
    が成長し、ストライプ相へと転移し、そのストライプドメインの先端で「くびれが生じ、
    ちぎれる」という興味深い現象が繰り返され、サイズ単分散なミクロ相へと転移する 
    (figure c)。更には、非対称な組成に起因する自発曲率を考慮した膜の弾性と相分離
    を記述する時間依存型ギンツブルグ-ランダウモデルを用いて、この転移現象を数値的
    にもおよそ再現する事に成功した (figure b)。以上よりこの転移現象は、組成が非対
    称である事に起因する、ゼロで無い自発曲率によって誘起される事が強く示唆された。
    本研究によってマクロ相からメソ相への新規な相分離ダイナミクスが明らかにされたが、
    この転移現象の普遍性など未解決問題は多数残されており、今後の発展を期待する。
    
    [English]
    In general, phase separation in binary liquid mixtures completes by relaxation 
    below the transition temperature. However, it is also well known that the 
    competition between local attractive and long-ranged repulsive interactions 
    between two phases leads to stable micro-phase separation. The coarsening 
    dynamics from a homogeneous phase to macro- or micro-phase has been 
    extensively investigated in binary mixture systems of polymeric and/or 
    low-molecular-weight molecules. In contrast, the dynamics from macro- to 
    micro-phase separation remains poorly understood because no appropriate 
    experiments and models exist for investigating this phenomenon (figure a).
    In this letter, We present the first direct observations of morphological 
    transitions from macro- to micro-phase separation using micrometer-sized 
    asymmetric lipid vesicles exposed to externally added glycolipids 
    (GM1:monosialotetrahexosylganglioside). The transition occurs via an 
    intermediate stripe morphology state. During the transition, monodisperse 
    micro-domains emerge through repeated scission events of the stripe domains 
    (figure b,c). By numerically analyzing the bending elastic model and the 
    time-dependent Ginzburg-Landau equation (figure b), we gained insights into 
    the mechanism of the novel transitions, which is apparently governed by the 
    local spontaneous curvature induced by the local asymmetric composition. 
    Our findings could provide important mechanistic clues for new material 
    designs and for understanding the dynamics of the heterogeneities existing 
    in cell membranes.
    
    


  2. 研究課題名「脂質複合膜の変形ダイナミクス」での研究成果 赤血球に代表される生体内の脂質二重膜は、ある温度領域において構成分子が膜上を 自由に拡散する流体膜である。この流体膜、特にその閉曲面体であるベシクルが呈す る多様な形態は一見複雑な機構で決定されているように思えるが、膜を一様な性質を 持った弾性面であるとした「曲げ弾性モデル」によって説明できることが70年代以降 の研究によって明らかにされてきた。このモデルは赤血球の中央の凹んだ円盤状の形 (bi-concave shape)や膜外部の溶液の浸透圧や温度による変形を説明する。 しかし近年、膜の内部自由度(組成や面内の配向秩序など)が膜変形に及ぼす影響に 興味が注がれている。というのは、従来のモデルは膜を一様な性質を持った弾性膜で あるとしており、膜面内の局所構造が反映される形態変形の現象 (例えば赤血球に見 られるechinocytosis のような変形)を説明できないことが分かってきたためである。 このような局所構造が反映される形態変形の現象は膜の「芽状突起変形」や膜内の異 質物を排出する機構と密接な関係があると考えられており、また前述のように細胞間 の情報伝達の際の膜変形に膜面の内部自由度が重要な役割をしていると認識されつつ あるためでもある. 以上のような背景から、本研究では「現実の生体膜のモデル膜として2成分脂質膜を 考え、その2成分脂質膜が織りなす多様な膜変形の静的及び動的現象の起源を明らかに すること」を目的に研究を進め, 現在もその研究を続けている. また「膜内の内部自由度」のみならず「膜にグラフトした高分子」や「膜内外にある 物質」と「膜の変形」の動的現象が互いに結合した脂質複合膜系についての理論的な 解析を現在も進めている.


    1. 流動下でのベシクルのダイナミクス (Unpublished work)

         生体を構成する小胞体(ベシクル)の流動,変形挙動を解析することは,
         生体内の流動を考える上で極めて重要である.本研究では,格子ボルツ
         マン法による二相系のシミュレーションに,ベシクルの力学的性質を導
         入することで,ベシクルの変形,ならびに内部・外部流体の流動を同時
         に解析することを試みた.曲率に依存する膜弾性の効果をフェーズフィ
         ールド法に導入して膜の平衡形状を正しく再現できることを示し,毛細
         管内での流れ場中のベシクルの挙動について調べた.また,急縮小部で
         の流動において,各パラメータを変化させたときの流路の閉塞の有無な
         どの挙動の変化について解析を行った.
          


    2. Antti Lamberg and Takashi Taniguchi
      "Freezing of Stressed Bilayers and Vesicles"
      Soft Matter 10 Issue:2, 257-261 (2014).
      DOI:110.1039/c3sm52432a
          We show using a minimalistic theoretical framework that phase
          transition decoupling in lipid bilayers is caused by a nonuniform stress
          profile due to an asymmetric distribution of lipids between the two
          leaflets. Applying this framework to vesicles, we demonstrate that their
          anomalous freezing is also caused by a stress asymmetry, but that this
          is due to lipid tail extension on freezing. Finally, we predict a previously
          unknown dependence of surface tension on temperature, find the
          phenomenon also in coarse grained molecular dynamics simulations,
          and suggest that it might have relevance in thermosensitive protein gating.
          


    3. Yuka Sakuma, Takashi Taniguchi, Toshihiro Kawakatsu and Masayuki Imai
      "Tubular Membrane Formation of Binary Giant Unilamellar Vesicles
      Composed of Cylinder and Inverse-Cone Shaped Lipids"
      The Biophysical Journal 105 pp.2074-2081 (2013).
      Science Direct
      DOI:10.1016/j.bpj.2013.09.021
           We have succeeded in controlling tubular membrane formations in binary 
           giant unilamellar vesicles (GUVs) using a simple temperature changing between 
           the homogeneous one-phase region and the two-phase coexistence region. 
           The binary GUV is composed of inverse-cone (bulky hydrocarbon chains 
           and a small headgroup) and cylinder-shaped lipids. When the temperature 
           was set in the two-phase coexistence region, the binary GUV had a spherical 
           shape with solidlike domains. By increasing the temperature to the homogeneous 
           one-phase region, the excess area created by the chain melting of the lipid 
           produced tubes inside the GUV. The tubes had a radius on the micrometer scale 
           and were stable in the one-phase region. When we again decreased the 
           temperature to the two-phase coexisting region, the tubes regressed and 
           the GUVs recovered their phaseseparated spherical shape. We infer that 
           the tubular formation was based on the mechanical balance of the vesicle 
           membrane (spontaneous tension) coupled with the asymmetric distribution 
           of the inverse-cone-shaped lipids between the inner and outer leaflets 
           of the vesicle (lipid sorting).
          


    4. Pengjian Gong, Takashi Taniguchi and Masahiro Ohshima
      "Nanoporous structure of the cell walls of polycarbonate foams"
      Journal of Materials Science 49, Issue 6, 2605-2617 (2014).
      DOI:10.1007/s10853-013-7959-4


    5. Kenji Yoshimoto and Takashi Taniguchi
      "Large-Scale Dynamics of Directed Self-Assembly Defects on Chemically Pre-Patterned Surface"
      Alternative Lithographic Technologies V(Proc. SPIE) 8680, 86801 (2013).
      DOI:10.1117/12.2011826


    6. Kenji Yoshimoto and Takashi Taniguchi
      "Large-Scale Simulations of Directed Self-Assembly with Simplified Model"
      Journal of Photopolymer Science and Technology 26, Issue: 6, 809-816 (2013).


    7. Masayasu Fujino, Takashi Taniguchi, Yasuhiro Kawaguchi, and Masahiro Ohshima
      "Mathematical Models and Numerical Simulations of a Thermally Expandable Microballoon for Plastic Foaming"
      Chemical Engineering Science 104, 220-227 (2013) .
      DOI:10.1016/j.ces.2013.09.010